Siendo Superiora General de su congregación (1976-1985), Francisca alentó el espíritu de renovación de la Iglesia Católica y de la liberación del pueblo chileno. Así lo enfatizó al afirmar que “la vuelta a las fuentes nos ha permitido rescatar lo sustancial de nuestro carisma original, recuperando su dinamismo positivo, en su docilidad al Espíritu e ir recorriendo nuevos caminos de inserción en la Iglesia local, en medio de nuestro pueblo y a su servicio”. En este espíritu, las religiosas (y Francisca entre ellas), fueron primero a vivir a una población en Pudahuel. El entonces vicario zonal, obispo Fernando Ariztía, les señaló: “no hagan nada más que escuchar y aprender”. Francisca siguió ese consejo, lo que la llevó más tarde a afirmar que “descubrí mi vocación en la escuela de los pobres”. Esto, porque al conocer a los pobladores, constató que las casas de las religiosas, tal como indicaba el Concilio Vaticano II, debían ser abiertas y lugares donde los pobres se sintieran acogidos, donde incluso el hábito religioso debía dejar de ser una barrera que les separara del pueblo.